Москва C

Последние новости

02:59
"Пора учреждать медаль "за взятие взаймы"" – журналисты о предоставления транша МВФ Украине
02:43
"Что-то страшное и непонятное": О каких "ядерных летательных аппаратах" для Донбасса говорится в резолюции ГА ООН
02:37
“Волга” не вернётся: ГАЗ заявил о выпуске новых моделей легких коммерческих автомобилей
02:34
В России скончался актер Олег Мартьянов
02:10
"Для себя они уже все решили": В МИД сообщили о выходе США из ДРСМД
01:49
“Мир начинает признавать Крым как часть России”: Американский дипломат не может смириться с успехами внешней политики Путина
01:32
"За нарушение прав человека и коррупцию": Трамп продлил санкции в отношении сына прокурора Чайки
00:53
Король Бельгии отложил решение об отставке правительства
00:47
Третья мировая и всполохи терроризма: В пророчестве Нострадамуса на 2019 год увидели реальную "картину будущего"
00:35
На Украине депутаты дерутся газетами
00:31
"Хайнаньские заложники" возвращаются домой
00:24
В Белом доме подтвердили планы Трампа приехать в Давос
00:21
“Намерен немедленно отправиться к королю”: Премьер Бельгии объявил об отставке
00:15
Власти Парижа компенсируют магазинам убытки, причинённые "жёлтыми жилетами"
00:13
"Нежелательный прецедент": В МИД объяснили, почему США не покажут ракету 9М729
00:10
В Литве задержали российского историка Валерия Иванова
23:59
Горбачёв после слов Путина попытался оправдаться за разоружение СССР
23:10
Забили до смерти: В украинской тюрьме убили русского добровольца Валерия Иванова
22:10
Скорость реакции: Баранец назвал оружие, которое для армий становится важнее мощности ядерного боезаряда
22:06
Даниил Безсонов: Киев гонять танки зря не будет, но Донбасс готов к наступлению ВСУ
19:39
GM-АвтоВАЗ готовит рестайлинг Chevrolet Niva
18:48
За наследством Осина выстроилась очередь
18:44
Усиление присутствия в Арктике, новые подлодки и модернизация армии: Шойгу перечислил грандиозные планы на 2019 год
17:21
Не хочешь учиться - не порть других: Евкуров потребовал следить за успеваемостью студентов-ингушей после инцидента в МГРИ-РГГРУ
17:14
Ватикан не признает новую украинскую церковь
15:13
Путин: Россия легко возродит наземные ракеты, если Штаты выйдут из ДРСМД
14:25
СВР подтверждает информацию Лаврова о подготовке украинской провокации на границе с Крымом
14:14
YouTube зачистил подписчиков на популярных каналах
13:45
Китайский кроссовер оказался лучше Audi и Mercedes-Benz
13:35
Верховный суд: опьянение не является отягчающим обстоятельством
13:20
60 минут
12:45
Найден самый далёкий объект в Солнечной системе
12:36
Минобороны: смерть главы ГРУ в Ливане - конспирологический бред
12:27
Вечер с Владимиром Соловьевым
11:42
Гражданство России по упрощенной схеме получат соотечественники из стран "со сложной обстановкой"
11:42
В Черное море вошел британский корабль-разведчик Echo
11:33
Акция конкурентов? Гуцериев пожалуется на Запашного в суд, прокуратуру и СК
Больше новостей
» » Половина бактерий в кишечнике человека не известна науке

Половина бактерий в кишечнике человека не известна науке

Медицина
199
0
Как выяснилось, половина микробного населения кишечника всё ещё остаётся загадкой для науки. Иллюстрация Centers for Disease Control and Prevention.

Исследователи Санкт-Петербургского государственного университета создали новый алгоритм для анализа ДНК, содержащейся в разных средах, к примеру, в почве, воде или… фекалиях. Новый инструмент помог выяснить, что сегодня известна лишь половина всего многообразия человеческих кишечных бактерий. Достижение описано в научной статье, опубликованной в журнале Cell Systems Антоном Банкевичем и Павлом Певзнером.

Одна из важных задач биоинформатики заключается в том, чтобы восстанавливать последовательность нуклеотидов в молекуле ДНК. Именно в этих "кирпичиках" записана наследственная информация любого живого существа. Решение этой непростой задачи состоит из двух этапов: секвенирования (чтения) и сборки.

Первый процесс включает разрезание молекулы ДНК на более короткие куски и прочтение каждого из них отдельно. На этапе сборки при помощи математических алгоритмов геном восстанавливают из прочтённых фрагментов (ридов). Чем длиннее и точнее получаются риды во время секвенирования, тем эффективнее работают алгоритмы сборки, а значит, можно больше узнать о хозяине генома – животном, растении или бактерии.

Однако создание длинных ридов обходится дороже, поэтому исследователи нередко предпочитают им короткие фрагменты.

Но это не единственная проблема. Одно дело, когда нужно проанализировать геномы, скажем, одного конкретного штамма микробов. Но задача значительно усложняется, когда необходимо изучить целое сообщество.

Кроме того, большинство бактерий не поддаются размножению в стандартных лабораторных средах. А значит, не получится "переселить" микробиом из грязной лужи или человеческого кишечника в лабораторный сосуд, где будет удобнее анализировать генетические коды целого "букета" микроорганизмов.

На этот случай и существует метагеномика. Это набор методов для изучения молекул ДНК, извлечённых из образцов среды, например, содержимого человеческого кишечника. (Между прочим, по оценкам специалистов, там около килограмма бактерий, что должно утешать девушек, грустно взирающих на показания весов).

Задача генетиков при этом заключается в том, чтобы расшифровать ДНК всех этих микроорганизмов разом и разобраться, кому какая принадлежит. Новый алгоритм, разработанный исследователями из Санкт-Петербурга, позволяет гораздо эффективнее, чем раньше, исследовать такое "генетическое ассорти" (метагеном, как говорят специалисты).

"К сожалению, мы не знаем точно, какие фрагменты генома к каким бактериям относятся. Однако новый алгоритм помогает нам спрогнозировать, какого размера будет "белое пятно" – неизученная область метагенома, – говорит Банкевич в пресс-релизе исследования. – Эта информация позволяет увидеть полный масштаб многообразия бактериального сообщества, а значит – сэкономить немало средств исследователей".


Авторы первыми в мире предложили секвенировать ДНК сразу по двум технологиям: Illumina, которая позволяет получать короткие фрагменты ДНК, и TruSeq Synthetic Long Reads (TSLR), которая помогает восстанавливать более длинные участки генома.

Далее с помощью сложных математических методов можно понять, какие последовательности генов совпадают у разных прочтённых фрагментов. Это позволяет, в частности, выделить ДНК штаммов, редко встречающихся в данном конкретном сообществе.

"По нашим расчётам, суммарная длина геномов бактерий в кишечнике человека составляет 1,3 миллиарда нуклеотидов. [В то же время] длина геномов кишечных бактерий, которую на сегодня удалось восстановить исследователям, – всего 656 миллионов. Это значит, что мы знаем только около 50% микроорганизмов, которые живут у нас в животе", – объясняет Банкевич.


Между тем вопрос о микробном населении кишечника отнюдь не праздный.
Уважаемый посетитель, Вы зашли на сайт как незарегистрированный пользователь. Мы рекомендуем Вам зарегистрироваться либо зайти на сайт под своим именем.

0 комментариев

Информация

Посетители, находящиеся в группе Гости, не могут оставлять комментарии к данной публикации.