Москва C

Последние новости

13:20
60 минут
12:27
Вечер с Владимиром Соловьевым
06:05
Президенты России, Турции и Ирана обсудят совместные действия в Сирии
05:54
Каски раскололись: в британии признали вину за химические постановки
05:25
Росавтодор покроет российские дороги "суперасфальтом"
04:50
Китай и США приступили к очередному раунду консультаций по торговле
04:15
Ярошенко планирует обратиться с ходатайством о переводе в другую тюрьму
03:21
Мадуро: встреча Трампа с президентом Колумбии стала пиршеством ненависти
02:15
НАСА: марсоход Opportunity утерян
01:28
МИД Молдавии хочет отозвать своего посла из России
00:55
Рапоза: Россию не удалось сбросить в экономическую пропасть
23:55
Американские сенаторы предложили наказать Россию еще одним пакетом санкций
20:42
IBU заблокировал спонсорский контракт СБР на 100 млн рублей
20:20
Встреча на высоте: что обсудили в горах Путин и Лукашенко
15:10
Популярный препарат от кашля оказался опасен для сердца
12:18
ГАЗ готовится к выпуску сверхдлинной "ГАЗели NEXT"
09:49
Новый проект "Правительство онлайн" расскажет о нацпроектах
08:19
Шорт-трекист Виктор Ан решил возобновить карьеру
07:49
Подросток из Севастополя зарубил мать и бабушку, приняв их за демонов
07:37
Македония исчезла с карты мира
07:20
Пожар на металлургическом комбинате в Челябинске: погибли два человекаПожар на металлургическом комбинате в Челябинске: погибли два человека
07:13
Инспекторы МАГАТЭ проверят ядерные объекты Северной Кореи
07:04
Глава МИД Венесуэлы: сначала США нас убивают, а потом "хотят выручить"
06:59
На АЭС "Фукусима-1" впервые после аварии провели эксперимент с ядерным топливом
06:31
В Санкт-Петербурге ветераны-афганцы получили ключи от новых квартир
04:48
Как распознать корь и чем она опасна
04:32
США сохранят санкции против России до получения Украиной контроля над Крымом и Донбассом
04:16
Совет ЕС и Европарламент договорились по поправкам к газовой директиве
03:50
Небензя указал на недостатки американского проекта резолюции СБ ООН по Венесуэле
03:23
Разъяренный автохам избил инвалида на сочинской трассе
02:40
Кто и за что убил подмосковного борца с коррупцией Дмитрия Грибова?
02:20
"ВКонтакте" хочет судиться с сервисом SearchFace
01:47
Законопроект об автономном Рунете требует доработки
00:38
Небензя: Запад использует Украину в качестве пешки в геополитической игре против России
00:21
Путин и Минниханов дали старт отгрузке бензина с НПЗ "Татнефть" в Нижнекамске
00:10
"Пчел держим и мед качаем": Цеповяз провел экскурсию по своим угодьям в колонии
00:02
Пентагон представил стратегию искусственного интеллекта для противодействия КНР и России
Больше новостей
» » Половина бактерий в кишечнике человека не известна науке

Половина бактерий в кишечнике человека не известна науке

Медицина
217
0
Как выяснилось, половина микробного населения кишечника всё ещё остаётся загадкой для науки. Иллюстрация Centers for Disease Control and Prevention.

Исследователи Санкт-Петербургского государственного университета создали новый алгоритм для анализа ДНК, содержащейся в разных средах, к примеру, в почве, воде или… фекалиях. Новый инструмент помог выяснить, что сегодня известна лишь половина всего многообразия человеческих кишечных бактерий. Достижение описано в научной статье, опубликованной в журнале Cell Systems Антоном Банкевичем и Павлом Певзнером.

Одна из важных задач биоинформатики заключается в том, чтобы восстанавливать последовательность нуклеотидов в молекуле ДНК. Именно в этих "кирпичиках" записана наследственная информация любого живого существа. Решение этой непростой задачи состоит из двух этапов: секвенирования (чтения) и сборки.

Первый процесс включает разрезание молекулы ДНК на более короткие куски и прочтение каждого из них отдельно. На этапе сборки при помощи математических алгоритмов геном восстанавливают из прочтённых фрагментов (ридов). Чем длиннее и точнее получаются риды во время секвенирования, тем эффективнее работают алгоритмы сборки, а значит, можно больше узнать о хозяине генома – животном, растении или бактерии.

Однако создание длинных ридов обходится дороже, поэтому исследователи нередко предпочитают им короткие фрагменты.

Но это не единственная проблема. Одно дело, когда нужно проанализировать геномы, скажем, одного конкретного штамма микробов. Но задача значительно усложняется, когда необходимо изучить целое сообщество.

Кроме того, большинство бактерий не поддаются размножению в стандартных лабораторных средах. А значит, не получится "переселить" микробиом из грязной лужи или человеческого кишечника в лабораторный сосуд, где будет удобнее анализировать генетические коды целого "букета" микроорганизмов.

На этот случай и существует метагеномика. Это набор методов для изучения молекул ДНК, извлечённых из образцов среды, например, содержимого человеческого кишечника. (Между прочим, по оценкам специалистов, там около килограмма бактерий, что должно утешать девушек, грустно взирающих на показания весов).

Задача генетиков при этом заключается в том, чтобы расшифровать ДНК всех этих микроорганизмов разом и разобраться, кому какая принадлежит. Новый алгоритм, разработанный исследователями из Санкт-Петербурга, позволяет гораздо эффективнее, чем раньше, исследовать такое "генетическое ассорти" (метагеном, как говорят специалисты).

"К сожалению, мы не знаем точно, какие фрагменты генома к каким бактериям относятся. Однако новый алгоритм помогает нам спрогнозировать, какого размера будет "белое пятно" – неизученная область метагенома, – говорит Банкевич в пресс-релизе исследования. – Эта информация позволяет увидеть полный масштаб многообразия бактериального сообщества, а значит – сэкономить немало средств исследователей".


Авторы первыми в мире предложили секвенировать ДНК сразу по двум технологиям: Illumina, которая позволяет получать короткие фрагменты ДНК, и TruSeq Synthetic Long Reads (TSLR), которая помогает восстанавливать более длинные участки генома.

Далее с помощью сложных математических методов можно понять, какие последовательности генов совпадают у разных прочтённых фрагментов. Это позволяет, в частности, выделить ДНК штаммов, редко встречающихся в данном конкретном сообществе.

"По нашим расчётам, суммарная длина геномов бактерий в кишечнике человека составляет 1,3 миллиарда нуклеотидов. [В то же время] длина геномов кишечных бактерий, которую на сегодня удалось восстановить исследователям, – всего 656 миллионов. Это значит, что мы знаем только около 50% микроорганизмов, которые живут у нас в животе", – объясняет Банкевич.


Между тем вопрос о микробном населении кишечника отнюдь не праздный.
Уважаемый посетитель, Вы зашли на сайт как незарегистрированный пользователь. Мы рекомендуем Вам зарегистрироваться либо зайти на сайт под своим именем.

0 комментариев

Информация

Посетители, находящиеся в группе Гости, не могут оставлять комментарии к данной публикации.