Москва C

Последние новости

03:15
175 лет тюрьмы за свободу слова: США предъявили новые обвинения Ассанжу
02:33
Жена и дочь Виктора Бута получили долгожданную американскую визу
01:48
Лунная программа, сроки и приоритеты: основные тезисы главы Роскосмоса
23:27
США выдвинули против основателя WikiLeaks 17 новых обвинений
21:45
Нуланд не пустили в Россию
20:53
300 россиян не могут вылететь из Китая
20:03
Задержан организатор покушения на волгоградского губернатора
19:30
Сборная России обыграла команду США и вышла в полуфинал чемпионата мира
19:28
Захарова: Россия знает, что радар в Норвегии работает на США, и примет ответные меры
19:05
Новый рекорд: обнаружена сверхпроводимость при -23 °C
18:09
Джоконда хмурится: алгоритм заставляет ожить картины и фото
16:14
Amazon начала оцифровывать пользователей 3D-сканером
15:18
После роли Мессинга Евгений Князев поверил в его сверхспособности
14:38
Допелись: Потап и Настя Каменских стали супружеской парой
14:22
Матвиенко стала кавалером высшего ордена России
13:20
60 минут
12:27
Вечер с Владимиром Соловьевым
03:10
Захарова прокомментировала возобновление закупок США нефти у Венесуэлы
02:58
Пентагон планирует отправку 5 тысяч военнослужащих США на Ближний Восток
02:08
У аэропорта города Хама армия Сирии сбила запущенный террористами беспилотник
01:52
ДТП на западе Москвы: четыре человека пострадали
00:29
Владимир Путин встретился в Кремле с премьер-министром Вьетнама
00:16
Начало глобального бойкота: китайские компании призывают сотрудников отказаться от продукции США
22:03
Трамп пригрозил демократам бойкотом
21:43
Пять детей попали в больницу после взрыва газового баллона
20:33
"Локомотив" завоевал Кубок России по футболу
20:09
Появилось видео последствий аварии на Минском шоссе
19:37
Пермская гимназия снова отличилась: проходной балл для мальчиков оказался ниже
19:28
Бокс останется в олимпийской программе
19:26
В штате Вашингтон теперь можно пускать человеческие останки на удобрение
19:26
Москвич обнаружил в квартире умершей тещи арсенал оружия
18:14
Диего Марадона был задержан в аэропорту Буэнос-Айреса
18:05
Будущее смартфонных процессоров Huawei оказалось под вопросом
17:18
На Урале пенсионера оштрафовали за отремонтированную дорогу
17:04
Женщина убила хозяина квартиры в Мытищах и хотела спуститься по простыням, но разбилась
16:22
Российские стратеги опять пролетели вдоль побережья Аляски
15:43
"Это не мой стиль": Матвиенко - о ситуации с увольнением журналистов "Коммерсанта"
Больше новостей
» » Половина бактерий в кишечнике человека не известна науке

Половина бактерий в кишечнике человека не известна науке

Медицина
244
0
Как выяснилось, половина микробного населения кишечника всё ещё остаётся загадкой для науки. Иллюстрация Centers for Disease Control and Prevention.

Исследователи Санкт-Петербургского государственного университета создали новый алгоритм для анализа ДНК, содержащейся в разных средах, к примеру, в почве, воде или… фекалиях. Новый инструмент помог выяснить, что сегодня известна лишь половина всего многообразия человеческих кишечных бактерий. Достижение описано в научной статье, опубликованной в журнале Cell Systems Антоном Банкевичем и Павлом Певзнером.

Одна из важных задач биоинформатики заключается в том, чтобы восстанавливать последовательность нуклеотидов в молекуле ДНК. Именно в этих "кирпичиках" записана наследственная информация любого живого существа. Решение этой непростой задачи состоит из двух этапов: секвенирования (чтения) и сборки.

Первый процесс включает разрезание молекулы ДНК на более короткие куски и прочтение каждого из них отдельно. На этапе сборки при помощи математических алгоритмов геном восстанавливают из прочтённых фрагментов (ридов). Чем длиннее и точнее получаются риды во время секвенирования, тем эффективнее работают алгоритмы сборки, а значит, можно больше узнать о хозяине генома – животном, растении или бактерии.

Однако создание длинных ридов обходится дороже, поэтому исследователи нередко предпочитают им короткие фрагменты.

Но это не единственная проблема. Одно дело, когда нужно проанализировать геномы, скажем, одного конкретного штамма микробов. Но задача значительно усложняется, когда необходимо изучить целое сообщество.

Кроме того, большинство бактерий не поддаются размножению в стандартных лабораторных средах. А значит, не получится "переселить" микробиом из грязной лужи или человеческого кишечника в лабораторный сосуд, где будет удобнее анализировать генетические коды целого "букета" микроорганизмов.

На этот случай и существует метагеномика. Это набор методов для изучения молекул ДНК, извлечённых из образцов среды, например, содержимого человеческого кишечника. (Между прочим, по оценкам специалистов, там около килограмма бактерий, что должно утешать девушек, грустно взирающих на показания весов).

Задача генетиков при этом заключается в том, чтобы расшифровать ДНК всех этих микроорганизмов разом и разобраться, кому какая принадлежит. Новый алгоритм, разработанный исследователями из Санкт-Петербурга, позволяет гораздо эффективнее, чем раньше, исследовать такое "генетическое ассорти" (метагеном, как говорят специалисты).

"К сожалению, мы не знаем точно, какие фрагменты генома к каким бактериям относятся. Однако новый алгоритм помогает нам спрогнозировать, какого размера будет "белое пятно" – неизученная область метагенома, – говорит Банкевич в пресс-релизе исследования. – Эта информация позволяет увидеть полный масштаб многообразия бактериального сообщества, а значит – сэкономить немало средств исследователей".


Авторы первыми в мире предложили секвенировать ДНК сразу по двум технологиям: Illumina, которая позволяет получать короткие фрагменты ДНК, и TruSeq Synthetic Long Reads (TSLR), которая помогает восстанавливать более длинные участки генома.

Далее с помощью сложных математических методов можно понять, какие последовательности генов совпадают у разных прочтённых фрагментов. Это позволяет, в частности, выделить ДНК штаммов, редко встречающихся в данном конкретном сообществе.

"По нашим расчётам, суммарная длина геномов бактерий в кишечнике человека составляет 1,3 миллиарда нуклеотидов. [В то же время] длина геномов кишечных бактерий, которую на сегодня удалось восстановить исследователям, – всего 656 миллионов. Это значит, что мы знаем только около 50% микроорганизмов, которые живут у нас в животе", – объясняет Банкевич.


Между тем вопрос о микробном населении кишечника отнюдь не праздный.
Уважаемый посетитель, Вы зашли на сайт как незарегистрированный пользователь. Мы рекомендуем Вам зарегистрироваться либо зайти на сайт под своим именем.

0 комментариев

Ваше имя: *
Ваш e-mail: *
  • bowtiesmilelaughingblushsmileyrelaxedsmirk
    heart_eyeskissing_heartkissing_closed_eyesflushedrelievedsatisfiedgrin
    winkstuck_out_tongue_winking_eyestuck_out_tongue_closed_eyesgrinningkissingstuck_out_tonguesleeping
    worriedfrowninganguishedopen_mouthgrimacingconfusedhushed
    expressionlessunamusedsweat_smilesweatdisappointed_relievedwearypensive
    disappointedconfoundedfearfulcold_sweatperseverecrysob
    joyastonishedscreamtired_faceangryragetriumph
    sleepyyummasksunglassesdizzy_faceimpsmiling_imp
    neutral_faceno_mouthinnocent
Введите два слова, показанных на изображении: